Perjalanan konservasi Karimunjawa dimulai dengan penetapan sebagai Cagar Alam Laut. Kementerian Kehutanan menetapkan Karimunjawa sebagai cagar alam laut pada tanggal 9 April 1986 melalui Surat Keputusan No. 123/Kpts-II/1986. Langkah awal ini menandai komitmen pemerintah dalam melindungi ekosistem laut kepulauan yang unik.

Setelah dua tahun berselang, status konservasi kawasan ini mengalami perubahan signifikan. Kemudian, Karimunjawa ditetapkan menjadi taman nasional pada 29 Februari 1988 berdasarkan Keputusan Menteri Kehutanan No. 161/Menhut-II/1988. Namun demikian, penetapan tersebut masih dalam kategori Kawasan Pelestarian Alam.

Perkembangan selanjutnya terjadi pada akhir dekade 1990-an dengan penyempurnaan status konservasi. Dalam Surat Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan No. 78/Kpts-II/1999 tanggal 22 Februari 1999 dinyatakan bahwa kawasan Cagar Alam Karimunjawa dan sekitarnya resmi ditetapkan sebagai Taman Nasional Karimunjawa. Status ini memberikan perlindungan hukum yang lebih kuat untuk melestarikan kekayaan alam kepulauan.

Pengelolaan modern kawasan konservasi ini terus berkembang dengan sistem zonasi yang terstruktur. Zonasi pada Taman Nasional Karimunjawa baru ditetapkan pada tahun 2005, namun kemudian disempurnakan pada 2012 dengan perubahan yang berlaku hingga saat ini. Sistem zonasi ini memastikan keseimbangan antara konservasi alam dan pemanfaatan berkelanjutan untuk generasi mendatang.